　第17戦マレーシア、Moto2クラスの予選は、ヨハン・ザルコ（AJO MOTORSPORT）が、他車に2秒以上の差をつけ、ポールポジションを獲得した。

　セッション序盤、まずトップタイムを記録したのはザルコ。ロレンツォ・バルダッサーリ（FORWARD TEAM）、フランコ・モルビデリ（ESTRELLA GALICIA 0,0 MARC VDS）も含めて、3台がトップタイムを更新しあっていく展開となった。

　セッション残り20分の時点で、ジョナス・フォルガー（DYNAVOLT INTACT GP）がザルコのトップタイムを0.4秒上回り、トップに浮上した。中上貴晶（IDEMITSU HONDA TEAM ASIA）はこの時点で19番手。ピットで待機している中上は、コンディションの改善を待っているようだ。

　水はけの改善を狙って、大改修が行われたセパン・インターナショナル・サーキット。雨も止み、走行ラインの一部は路面の色が変わっているような状態だ。

　セッション残り13分、ザルコがタイムを更新し、再びトップへ。中上もこのタイミングでタイムを更新し、11番手にポジションを上げた。

　ザルコはさらにタイムを更新し、2番手フォルガーに対して約1秒の差をつけた。

　モルビデリがタイムを更新し、ザルコから0.4秒差の2番手まで浮上。モルビデリは続けてアタックし、2分20秒835というタイムでトップに立った。

　セッション終了間際、ザルコがまたしてもタイムを更新。2分18秒621という驚異的なタイムで、2番手モルビデリに2秒以上の差をつけ、ポールポジションを獲得した。3番手のアクセル・ポンス（AGR TEAM）は前後にスリックタイヤを選択するギャンブルで、フロントローを獲得した。

　中上は複雑なコンディションでタイムが上げることができず、結局20番手でセッションを終えた。

Moto2 2016 マレーシア予選結果

Cla	#	Driver	Bike	Laps	Time	Gap	Interval	km/h	Speed Trap
1	5	Johann Zarco	Kalex	17	2'18.621			143.952	261.7
2	21	Franco Morbidelli	Kalex	18	2'20.755	2.134	2.134	141.769	260.3
3	49	Axel Pons	Kalex	17	2'21.383	2.762	0.628	141.140	262.9
4	94	Jonas Folger	Kalex	15	2'21.559	2.938	0.176	140.964	258.8
5	12	Thomas Luthi	Kalex	16	2'21.775	3.154	0.216	140.749	259.8
6	7	Lorenzo Baldassarri	Kalex	16	2'21.836	3.215	0.061	140.689	258
7	19	Xavier Simeon	Speed Up	12	2'21.941	3.320	0.105	140.585	255.6
8	54	Mattia Pasini	Kalex	15	2'22.029	3.408	0.088	140.498	256.4
9	87	Remy Gardner	Kalex	18	2'22.070	3.449	0.041	140.457	256.2
10	24	Simone Corsi	Speed Up	14	2'22.107	3.486	0.037	140.420	256.7
11	10	Luca Marini	Kalex	14	2'22.556	3.935	0.449	139.978	255.9
12	93	Ramdan Rosli	Kalex	16	2'22.697	4.076	0.141	139.840	258.2
13	22	Sam Lowes	Kalex	17	2'23.187	4.566	0.490	139.361	256.3
14	55	Hafizh Syahrin	Kalex	16	2'23.213	4.592	0.026	139.336	255.6
15	11	Sandro Cortese	Kalex	17	2'23.387	4.766	0.174	139.167	260.3
16	20	Alessandro Nocco	Kalex	16	2'23.629	5.008	0.242	138.932	250.8
17	27	Iker Lecuona	Kalex	17	2'23.677	5.056	0.048	138.886	259.9
18	57	Edgar Pons	Kalex	16	2'23.785	5.164	0.108	138.782	258.6
19	32	Isaac Viñales	Tech 3	15	2'23.913	5.292	0.128	138.658	254.3
20	30	Takaaki Nakagami	Kalex	17	2'23.935	5.314	0.022	138.637	255.3
21	73	Alex Marquez	Kalex	15	2'24.145	5.524	0.210	138.435	258.4
22	23	Marcel Schrötter	Kalex	14	2'24.274	5.653	0.129	138.311	255.6
23	40	Alex Rins	Kalex	16	2'24.370	5.749	0.096	138.219	259.6
24	52	Danny Kent	Kalex	15	2'24.542	5.921	0.172	138.055	253.2
25	97	Xavi Vierge	Tech 3	13	2'24.639	6.018	0.097	137.962	255.3
26	14	Ratthapark Wilairot	Kalex	16	2'24.793	6.172	0.154	137.816	255.7
27	2	Jesko Raffin	Kalex	18	2'25.030	6.409	0.237	137.590	258.3
28	70	Robin Mulhauser	Kalex	15	2'25.611	6.990	0.581	137.041	260.6