第17戦マレーシアGPのフリー走行3回目、トップタイムを記録したのはスズキのマーベリック・ビニャーレスだった。

　セッション序盤、ホンダのマルク・マルケスが2分1秒210でトップに立つ。マルケスは前日のフリー走行2回目を胃腸炎でスキップしていたが、問題はないようだ。

　セッション残り30分ほどになると、ヤマハのバレンティーノ・ロッシがマルケスのタイムを上回り、トップに浮上。タイムは2分1秒043だ。彼のチームメイト、ホルヘ・ロレンソも僅差でマルケスを上回り、2番手につけた。

　セッション残り20分頃、スズキのマーベリック・ビニャーレスがタイムを更新。ロッシのタイムを0.030秒更新しトップに立った。ビニャーレスは続く周回も、セクター2までを最速ペースで周回するが、ミスがあったか、アタックをやめてしまった。

　約６分後、再びビニャーレスはセクター2まで最速ペースでアタックを行うが、セクター3で前のロッシに詰まってしまい、タイムを更新できず。

　この間にロレンソがタイムを更新し、2分0秒981でトップに立つが、マルケスも後ろからさらに速いペースで周回。2分0秒584のトップタイムをマークした。

　これをさらに上回ったのがスズキのアレイシ・エスパルガロ。2分0秒483でトップに浮上した。

　ビニャーレスも改めてアタックし直して1分59秒947と、週末を通して2分を切るタイムを記録した初めてのライダーとなった。

　7番手までポジションを落としていたマルケスも、チェッカー間際に2番手まで浮上。トップ4はかなり接近したタイムを残している。

　5番手に入ったのはアビンティアのヘクトル・バルベラ。今回からアンドレア・イアンノーネが復帰し、ドゥカティのワークスチームから、所属チームに戻っているが、ドゥカティの2台の上に立って見せた。

　セッション終盤、13番手だった前戦フィリップアイランドの勝者、カル・クラッチロー（LCRホンダ）はターン7で転倒を喫してしまい、タイムアップならず。予選Q1への出場が決まった。

　ホンダのダニ・ペドロサの代役として出場している青山博一も、トップから2.8秒遅れ21番手。予選Q1からの出場となる。